经文学校是新疆地区穆斯林传习伊斯兰教功课、培养宗教人才的场所。

新疆最早修建的有名的经文学校，是喀喇汗王朝时期(公元9世纪-13世纪初)在喀什噶尔兴建的“沙吉耶买德里斯”。“沙吉耶买德里斯”为阿拉伯语音译，意为“高级教经堂”，公元10世纪由萨图克·布格拉汗所建。其宗旨是传播伊斯兰教学术文化，培养伊斯兰教高级教职人员、学者、教法官和行政官员。《苏拉赫词典补编》的作者札马勒•哈儿昔说，这所学院主要建筑除教室、宿舍、礼拜寺外，还有一座大图书馆，藏书达数十万册，宗教、文学、历史、地理、天文、数学等方面的书籍应有尽有，驰名新疆和中亚地区。13世纪初，“沙吉耶买德里斯”被毁。它完全按照当时在巴格达创建的“尼扎米亚大学”的教学模式和内容进行授课，为喀喇汗王朝培养了大批著名的宗教学者和文学家。玉素甫·哈斯·哈吉甫和玛合穆德·喀什噶尔等著名的维吾尔族学者曾在这里学习过。

喀喇汗王朝时期，另一所著名的经文学校是“罕勒克麦德里斯”，意为“皇家教经堂”，为萨图克·布格拉汗之子穆萨创建，后多次扩建，专供汗室和达官贵族学习之用。教经堂设有大讲堂、礼拜殿、备课室、图书馆、学院宿舍和沐浴室等。其遗址尚存，位于今喀什市东北角。

随着伊斯兰教的发展，经文学校开始遍布全疆。至19世纪以前，信仰伊斯兰教的各民族教育完全是宗教教育，因而经文学校十分兴盛。较为有影响的有：1253年左右，河中总督马思忽惕在喀什噶尔沙吉耶买德里斯废墟上兴建了以他的名字命名的高等伊斯兰教学府——马思忽惕亚麦德里斯。《苏拉赫词典补编》作者札马勒•哈儿昔曾在这所学府担任过教授。另外，和田吾依巴阿达教经堂(建于1854年)、墨玉县吾巴阿麦德来斯(建于1879年)等都是具有一定规模的教经堂。

民国初年，杨增新鼓励和支持阿訇兴办伊斯兰经文学校。盛世才时期，逐渐开办国民教育，但是，伊斯兰经文学校仍占新疆民族教育的主要形式。据新中国成立初的资料载，仅喀什地区当时就有大、中、小教经堂145所，经文学校45所。

20世纪50年代，新疆伊斯兰经文学校有所减少。据1954年统计，全疆约有各类经文学校2600余所，在读学生达10万人。“文革”时期，伊斯兰经文学校被禁止。改革开放后，伊斯兰经文学校开始恢复。1987年，自治区开办了新疆伊斯兰经学院。1989年，全疆伊斯兰经文学校(班)达938所，在读学生超过10000人。这一时期，私人开办的经文学校增多。20世纪90年代，由各地伊斯兰教协会负责试办经文学校，有较高宗教学识、在群众中有一定威望的爱国宗教人士带培学经人员。