新疆伊斯兰教经学院是经国务院办公厅和新疆维吾尔自治区党委、自治区人民政府批准建立的一所宗教高等学院，也是全国惟一用维吾尔语授课的伊斯兰教经学院。1983年开始筹建，1987年竣工。

经学院现有正式职工58名，其中专职教师22人。内设机构办公室、教务处、学生管理处和总务处等部门。学院的主要任务，一是开办五年制本科班，培养年轻一代爱国宗教教职人员；二是举办短期培训班，培训在职有影响的中青年宗教教职人员；三是对新疆各地、州伊斯兰教协会举办的经文学校（班）进行业务指导。

经学院本科班课程根据国家宗教事务局和自治区统战部、政府宗教局的安排意见和原则，按照“三七开”的比例，开设文化课和宗教课。文化课占30%，开设的课程有：政治（学习邓小平理论、社会主义法规、民族宗教政策、时事政治与道德教育等）、基础汉语、维吾尔语言文学、地理、历史、体育；宗教课占70%，开设的课程有阿拉伯语、阿拉伯语语法学、阿拉伯语修辞学、阿拉伯文学、《古兰经》诵读学、《古兰经》诵读规则学、宗教道德学、教义学、圣训学、圣训学原理、教法学、教法学原理、圣训注解、《古兰经》注、伊斯兰教文化和新瓦尔兹演讲法等16门课程。

1987至2010年，学院共开办本科班12期，招收学生709人，536名学生已获得本科毕业证书，其中28名学生先后被派往埃及等国留学深造。在校生160人。毕业生绝大多数都已安置在全疆各县（市）、乡（镇）聚礼清真寺担任伊玛目、哈提甫，或分配到各地经文学校（班）担任宗教课教师，部分人在各级地方担任人大代表、政协委员、伊协委员等职务。他们走上社会后，依法开展宗教活动，在维护祖国统一、民族团结、社会稳定、经济建设、扶贫济困、抗震救助等方面发挥了重要作用，受到当地政府和广大信教群众的好评，不仅在新疆伊斯兰教界有广泛影响，而且在全国乃至国际伊斯兰教界也有较大影响。

该学院占地面积31545平方米，建筑面积17800平方米。学院坐落在自治区首府乌鲁木齐市天山区延安路119号，教学区的主要建筑有：综合大楼、清真寺，二者被连廊花架有机地连为一个整体；附属设施有：学生宿舍楼、餐厅、浴室、锅炉房、车库等；生活区有四栋职工宿舍楼和一座小型培训楼。经学院总投资1700万元，世界伊斯兰教发展银行赞助122.6万美元。