元代菱塘清真村一带又名“回回湾”。名称的来历记载着一段特殊的历史。宋元战争时期，元朝军队中有一支叫做探马赤军的精锐部队，在野战和攻打城堡时充当先锋，战事结束后即屯戍被征服地区，所谓“上马为军，下马为垦”，过着兵农合一的生活。探马赤军中加入了一支原中亚穆斯林组成的“西域亲军”，随军驻防各地。其中有的就屯驻在扬州、高邮沿湖一带地沃滩阔处。元朝统一中国后，下令“探马赤军与民编同”，散布于各地的回军屯区也就变成了回民聚居村落，由此留下“回回营”、“回回屯”、“回回寨”、“回回凹”、“回回村” 等众多古村落名。据菱塘清真村《杨氏族谱》记载，杨氏始祖是在元末携眷从苏州迁到菱塘回回湾的。人们由此知道，菱塘早在元代就是一处名声在外的回民聚居村了。菱塘古清真寺即始建于元末，原址位于芦柴港东南的“回回湾”，后三迁其址，建寺于此。古清真寺经历了四次大的翻修，修复后的古清真寺，占地面积8000多平方米，共有瓦房41间，建筑面积2600平方米。前后四进，两厢四院，整体布局对称严谨，具有鲜明的清代建筑风格。目前寺内有专职阿訇四人，是江苏农村第一大清真古寺。

清真寺前方牌楼门楣上方刻写着“开天古教”四个大字。所谓“开天古教”，是中国穆斯林对伊斯兰教的尊称。表示该教与阿丹(亚当)所奉宗教一脉相承。中国伊斯兰学者根据伊斯兰教史和故事传说，结合中国“盘古氏开天辟地”的传统文化，创立了“开天古教”说。也因此，内地的清真寺多有悬挂“开天古教”匾额。牌楼的背面刻有四个大字——“天方在望”。 “天方在望”在这里带有崇高的信仰之意。这座牌楼和前方的古清真寺相得益彰，更相互凸显出古朴神圣之感。2006年6月，经江苏省人民政府批准，古清真寺被明确为江苏省文物保护单位。2007年，经江苏省文物局批准，菱塘回族乡政府决定以古寺为中心新建民俗风情园。按照修旧如旧原则，对寺内建筑和寺院环境进行了大规模翻修扩建。

寺内现存有国家一级重点文物盘龙铜炉，为20世纪30年代祖籍菱塘的上海回族古玩商人薛贵笙所献。寺内望月楼后一棵大银杏树，为古寺迁建时所栽，与古寺同呼吸，共命运，历经世道沧桑，迎来今天的盛世复兴。

1989年11月、2010年6月，海湾五国驻华使节及夫人、海湾阿拉伯国家使节和企业家先后来菱塘回族乡参观访问，都在该寺虔诚地做了礼拜。古老的菱塘清真寺，在慰藉与满足着乡村穆斯林的信仰情怀和宗教活动的同时，复以其积淀深厚的伊斯兰教文化底蕴，牵系着四方游人的览胜之期盼，思古之悠情。